Nel 1258 cominciò a reggere l’abbazia Eremita, il quale favorì il fiorire del monastero di S. Croce in Valle dell’Aquila, posto inter fauces montis, come dice una bolla, retto da un priore nominato dai monaci di Bovara e sembra che lo stesso Eremita vi si sia poi ritirato, deponendo la dignità di abate di S. Pietro.
L’abate di Bovara aveva giurisdizione sopra almeno cento chiese curate e sopra quattro monasteri, che eran retti da priori. Essi sono: S. Donato di Buiano, che verso la metà del 1300 passò ai canonici della cattedrale di Spoleto, S. Croce in Valle dell’Aquila, aggregato il 10 marzo del 1469 al Capitolo di S. Emiliano in Trevi, S. Arcangelo e S. Maria di Pigge, passati in tempi diversi al Vescovo di Spoleto.

Nel 1265 sorse uno scisma per l’elezione dell’abate, perché alcuni avevano eletto Grifo, monaco della diocesi di Todi, ed altri il camaldolese Ruggero, abate di S. Silvestro al monte Subasio. Ma un decreto di Gerardo, vescovo di Spoleto, delegato da Bonifacio VIII, pose fine alla controversia, riconoscendo Ruggero, il quale visse fino al 1335. In quel tempo le lotte tra guelfi e ghibellini fecero soffrire molto i monaci; i beni dell’abbazia furono occupati, i monaci dispersi, le chiese danneggiate. L’abate Ruggero, ormai vecchio, il 31 magio 1334, unì il monastero di Bovara  all’abbazia di S. croce di Sassovivo, alla quale cedette anche tutti i beni e diritti. Il 1 aprile 1335 il card. Giovanni Gaetano Orsini, legato apostolico, confermò questa unione, la quale però di fatto non poté effettuarsi a causa della lotta tra guelfi e ghibellini. In data 13 dicembre 1421 il papa Martino V con suo decreto, datato da Firenze, ordinò a Nicolò, vescovo di Foligno, di confermare l’unione con Sassovivo, qualora i monaci di Bovara fossero stati tutti favorevoli. Ma il vescovo di Foligno trovò tale discordia tra i monaci che pensò bene di non farne nulla . I dispersi monaci, riuscirono tuttavia a nominare loro abate Marco da Spoleto, che tenne il titolo dal 1417 al 1421.

Intanto i beni erano occupati da Corrado Trinci, che li tenne fino al 1438, nel qual anno l’abbazia di Sassovivo cominciò ad affittare i beni di Bovara e nominò un sacerdote per la cura delle anime.

L’11 aprile 1442 Eugenio IV nominò abate di Bovara Tommaso Valenti ed incaricò Gaspare, arcivescovo di Napoli e Governatore dell’Umbria a sistemare la questione pendente con Sassovivo. L’11 aprile 1443 Gaspare sentenziò come non avvenuta l’unione di Bovara con Sassovivo e l’abate Tommaso poté entrare in possesso della sua carica e dei pochi beni rimasti.
Il Valenti cercò di rivendicare all’abbazia i suoi legittimi averi, ma si trovò a lottare coi Manenti e con altri usurpatori. Il 31 dicembre 1443 con l’intervento di Lotto, Vescovo di Spoleto, fece un concordato con Trincia Manenti, detentori di molti beni, ma per poco tempo Trincia tenne fede ai patti. Il Valenti cercò anche di recuperare i beni che precedentemente erano stati rubati ed occupati, ma con  poco risultato, tanto che il 5 aprile 1498, il vicario di Spoleto, Stefano Coppus, pubblicò un suo monitorio contro i detentori dei beni dell'abbazia di Bovara, minacciando le sanzioni ecclesiastiche. Questo non giovò a nulla, ed il 13 marzo 1503 il Papa Giulio II scomunicò i detentori dei beni ma evidentemente senza alcun effetto perché nel 1609 Paolo V fu costretto a confermare la scomunica.

L'abate Tommaso procurò anche di richiamare tra i monaci l'osservanza religiosa; sfiduciato o deluso rinunziò l'abbazia di Bovara a Sisto IV in favore dei monaci olivetani il 19 luglio 1484. Innocenzo VIII il 12 settembre dello stesso anno confermò la cessione e l'abate generale di Monte Oliveto Maggiore, Domenico da Lecco, ne prese possesso e ne nominò priore Vincenzo da Milano.
Il Valenti non aveva fatta nessuna riserva per sé, ma il generale degli Olivetani "tanta praesulis benignitate perspecta" al dire del Lancellotti, volle che gli fosse concessa annualmente la metà delle rendite del monastero e la conservazione del titolo di abate. Ecco perché fino alla morte del Valenti gli olivetani non ebbero in Bovara un abate, ma soltanto un priore.
Il comune di Trevi il 2 aprile 1478 aveva già deliberato di assumere la spesa delle bolle per questo passaggio.
Il 4 febbraio 1490 morì Tommaso Valenti e gli furon fatti solenni funerali; il Mugnoni raccoglie la voce che fosse stato avvelenato (Mugnoni, Annali, pag. 123 e seg.).

Tra i primi monaci olivetani che furono in Bovara figurava fin dal 1485 fra Mattia di ser Simone da Trevi, che tenne uffici elevati nel suo ordine, e nel 1467, morto l'abate generale Ringherio, tenne la carica di proabate generale; fu in quel periodo che egli eresse la grande biblioteca, ora dispersa, di Monte Oliveto Maggiore, sussidiato di un tal Ludovico da Terni, che aveva un fratello monaco col nome di Fra Pietro.
Fra Mattia fece venire a Trevi nel 1485, come custode del santuario della Madonna delle Lacrime, fra Antonio da Lodi che suscitò intorno a sé tanta fama di santità. fra Mattia morì in Trevi nel 1486 per la peste che infieriva in quegli anni, come gli aveva predetto Fra Antonio.
Il Mugnoni dice che il passaggio dell'abbazia di S. Pietro agli olvetani fu "utilissima cosa" perché così l'abbazia stessa "fu cavata de la mano de quilli cardinali, che tucte le abbatie se le chiamano in commedia: et sparagnate multe spese et danni et mali che el comune et li parrochiani averiano patuti quando fusse dicta abatia venuta in manu de qualche cardinale" (Mugnoni, Annali, pag. 79). Infatti Bovara non fu data mai in commenda ad alcuno.

Il priore fra Vincenzo da Milano procurò di ricuperare molte chiese con i loro beni e restaurò il monastero e fece il chiostro con la cisterna.
Nel 1507 l'abate Nicolò da Cortona costruì il refettorio nuovo, la cucina e poi anche il grandioso appartamento per l'abate.
Nel 1531 l'abate Gerolamo da Fabriano eresse nella chiesa le bellissime colonne di pietra, che vi sono ancora oggi.
Nel 1546 l'abate D. Francesco Mugnoni da Trevi, celebre giureconsulto [da non confondere con l'omonimo ser Francesco Mugnoni che scrisse gli "Annali dal 1416 al 1503"], fece fare il muro di cinta che anche attualmente segna quella che fu  la clausura del Monastero. Nell'anno precedente (1545) aveva dimorato per più giorni in Bovara il papa Paolo III con tutta la sua corte, nel ritorno che faceva da Perugia a Roma.
Nel 1610 l'abate Michelangiolo Tramontana costruì gli stalli del bel coro.
L'abate D. Agostino Lancellotti da Perugia, dottissimo teologo e storico degli olivetani, creò in Bovara uno studentato, e nel 1622 rifece il campanile e la parte posteriore della chiesa, che erano stati abbattuti da un fulmine. Il campanile primitivo era stato costruito nel 1582 dall'abate D. Lorenzo Salvi, che apportò anche molte migliorie del monastero (cantine, molino ad olio, scuderie, ecc.)

Nel 1734 l'abate D. Camillo Bontempi ottenne dal Comune di Lucca insigni reliquie dei santi Vincenzo e Benigno, che una tradizione locale dice nativi da Bovara.[Secondo il Natalucci che cita le Riformanze comunali e una lapide, le reliquie furono traslate a Trevi nel 1703 - Historia... di Trevi, c. 101].

^{Nel 1769 l'abate D. Mauro Vermiglioli fece una importante processione con l'immagine del ss.mo Crocifisso, che ancora oggi è tanto venerata nella chiesa di Bovara da tutte le popolazioni dei dintorni. Che io sappia, questa è la prima menzione che si fa di questa venerata immagine. Ricordato ancora è il prodigio delle acque del 17 maggio 1817, quando la popolazione, ricorsa con fede al ss.mo Crocifisso, ottenne pioggia abbondante in una maniera veramente prodigiosa.}

^{L'ultimo abate di Bovara fu D. Lorenzo Sommarigo, che apparisce col titolo di abate fino al 1806.
Dopo la soppressione napoleonica l'abbazia più non risorse e i beni furon ceduti dalla Santa Sede alla famiglia Martinez per tacitare un debito contratto con essa dalla Camera Apostolica.}

^{Oggi Bovara mantiene tutta la sua antica importanza. É una delle parrocchie più grandi dell'Archidiocesi spoletina, conta numerosa popolazione, che conserva nel cuore la fede dei padri.
A capo della parrocchia oggi è il rev.mo mons. Gennaro del Gaudio, Cavaliere dell'ordine Costantiniano.}